【追記】2017年、7月4日時点でau WALLET（プリペイド）もApple Payに登録できるようになっています。
登録方法は簡単です。iPhone 7/7 Plusのwalletアプリからカードの追加を選択（右上のプラスマークをタップ）して、カメラでカード表面を読み込み、カード名義とセキュリティーコードを入力します。その後、登録された電話番号やメールアドレスに送られてくる認証コードを入力すれば登録完了です。
Apple Pay開始から半年以上が経過し、ようやくau WALLETでもApple Payマークのある店舗、アプリ、ネット通販が利用できるようになりました。
auが発行するau WALLETカード（クレジット）はApple Payに対応しており、iPhoneのwalletアプリからカードの登録が可能です。一方でau WALLET（プリペイド）はApple Payに対応していないため、Apple Payの決済カードとして使うことはできません。しかしSuica利用だけならau WALLET（プリペイド）で決済できます。
Suicaアプリにカードを登録
日本のApple PayはプリペイドタイプのSuica（交通系電子マネー）とクレジットタイプのiD、QUICPayの二本立てになっています。クレジットタイプのApple Payを利用するには対応したクレジットカードの登録が必要ですが、プリペイドタイプのSuicaについてはApple Payに対応したカードは不要です。
SuicaアプリにはApple Pay未対応のカード（プリペイドも含む）が登録でき、au WALLETも登録できます。登録しておけばSuicaアプリからApple PayにあるSuicaに残高が補充できます。もちろんau WALLETの残高を確保しておく必要はありますが、通常のカードと同様に問題なく残高をチャージできます。
これで今までau WALLETでは鉄道やバスの運賃を支払うことができなかった（もしくは面倒だった）のですが、Suicaへのチャージができるようになっているので間接的にですが運賃支払いに利用できることになります。
Webサイト、アプリ内決済には使えない
Apple Payは実店舗だけでなく、Webサイトやアプリ内での決済にも利用できます。しかしSuicaを利用するApple Payはこの決済に対応していません。そのためau WALLETだけではApple Payの機能全てを使うことはできません。ゆくゆくは対応を検討しているとKDDIの社長は発言していますが、もし全機能を使いたいなら既にApple Payに対応しているカードを作ったほうが早い気はします。
中期的な観点から見れば、クレジットカードだけでなくデビットカードやプリペイド式のカードもApple Payなどのモバイル決済で利用できるようにはなるでしょう。その時代になれば、現金を触る機会はかなり減ると思われます。Apple Payの日本でのサービス開始はいよいよキャッシュレス社会が日本にも到来する、始まりになるのかもしれません。